國家微生物科學數(shù)據(jù)中心依托中科院微生物研究所，與中科院海洋所、中國疾控中心傳染病所、中科院植物生理生態(tài)所等單位共建。中心數(shù)據(jù)資源總量超過300TB，數(shù)據(jù)記錄數(shù)超過40億條,數(shù)據(jù)內(nèi)容完整覆蓋微生物資源、微生物及交叉技術方法、研究過程及工程、微生物組學、微生物技術以及微生物文獻、專利、專家、成果等微生物研究的全生命周期。中心在微生物領域超過30年的數(shù)據(jù)匯交工作，數(shù)據(jù)來源覆蓋國內(nèi)中國科學院、其他科研院所、高校、企業(yè)等百余家單位。該數(shù)據(jù)平臺還接收了全球46個國家120個單位的數(shù)據(jù)匯交和全球共享，是全球微生物領域最重要的數(shù)據(jù)中心。中心建立了完善的數(shù)據(jù)質(zhì)量控制體系和多級數(shù)據(jù)質(zhì)量標引體系，牽頭申請并正在開發(fā)微生物數(shù)據(jù)領域第一個國際ISO標準，并在此基礎上，開發(fā)了自有知識產(chǎn)權的數(shù)據(jù)管理平臺，目前已經(jīng)在國內(nèi)外上百家單位使用。
